謝通門由于奇特多樣的地形地貌及受西南季風、西風南支流影響，形成了復雜多樣的獨特氣候。北部嚴寒干燥，南部、西部半溫暖半濕潤。明顯特點日照時間長，輻射強，氣溫較低，晝夜溫差大，干濕分明，多夜雨，冬春干燥，多大風，氣壓低，氧氣含量較少。全縣年平均溫度6.35 度，1月平均溫度一8度，7月平均溫度 15度左右，極端最高氣溫27.6度。農作物生長期平均氣溫在0度以上的有9個月左右（2月至 11月中旬）。由于7月云雨增多影響升溫，因此，6月份最熱。

　　縣年均日照數(shù)在2980—3120小時之間，降雨量350mm/年，降雨多集中在6—9月，北部牧區(qū)遲于南部，西部農區(qū)降雨多在夜間。由于海拔高，氣候寒冷干燥，冬春多大風，年蒸發(fā)量達2400mm。

　　自然災害

　　謝通門縣為雅魯藏布江流域高原氣溫和半濕潤氣候區(qū)。由于海拔高，地形地貌復雜多樣，南北氣溫差異較大。北部牧區(qū)主要災害有沙塵暴、雪、冰、雹及鼠害等災害，南部、西部農區(qū)主要災害是干旱、洪災、霜凍、冰雹等。1998年和2002年，縣境內先后發(fā)生了特大洪澇、泥石流災害，給群眾的生產、生活造成了嚴重損失。